Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 28-06-2021

28-06-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 9.846 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 284 concelhos de Portugal.

No âmbito da vigilância genómica que o INSA está a coordenar, foram obtidas 1087 sequências da amostragem nacional de junho de 2021, a qual incidiu nos dias 2 a 15 de junho. Esta amostragem envolveu laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo um total de 131 concelhos.

A partir de junho, o INSA adotou uma nova estratégia de monitorização contínua da diversidade genética do novo coronavírus em Portugal, a qual assenta em amostragem semanais de amplitude nacional. Esta abordagem permitirá uma melhor caracterização genética do SARS-CoV-2, uma vez que os dados serão analisados continuamente, deixando de existir intervalos temporais entre análises.

Entre as novas sequências analisadas, a variante Alpha (B.1.1.7), associada inicialmente ao Reino Unido, foi detetada por sequenciação com uma frequência relativa de 40.2% na amostragem nacional de junho, evidenciando um forte decréscimo de frequência a nível nacional. Todavia, esta variante é ainda a mais prevalente na região Norte (62.7%) e nas Regiões Autónomas dos Açores (96.8%) e Madeira (69.8%).

Em contraste, a variante Delta (B.1.617.2), associada inicialmente à Índia, apresentou uma subida galopante na frequência relativa a nível nacional, a qual aumentou de 4.0% (maio) para 55.6% (junho). No entanto, é de destacar que a sua distribuição é ainda muito heterogénea entre regiões, variando entre 3.2% (Açores) e 94.5% (Alentejo), mas, tendo em conta a tendência observada entre maio e junho, é expectável que esta variante se torne dominante em todo território nacional durante as próximas semanas.

Do total de sequências da variante Delta analisadas até à data, 46 apresentam a mutação adicional K417N na proteína Spike. No entanto, cerca de 50% destes casos restringem-se a apenas duas cadeias de transmissão de âmbito local, sugerindo que a sua circulação comunitária é ainda limitada, sendo a frequência relativa deste perfil (Delta+K417N) na amostragem nacional de junho de 2.3%.

O relatório do INSA dá ainda conta de que a frequência relativa das variantes Beta (B.1.351) e Gamma (P.1) mantém-se baixa, sem tendência crescente nas últimas amostragens. Em particular, destaca-se que a variante Beta foi detetada a uma frequência de 0.1% e em apenas duas regiões (Lisboa e Vale do Tejo e Região Autónoma da Madeira).

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Os resultados deste trabalho podem ser consultados aqui.