Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 25-01-2022

25-01-2022

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 26.120 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 303 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 519 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 133 concelhos por semana.

Segundo o mais recente relatório do INSA, desde o dia 6 de dezembro, tem-se verificado um elevado crescimento na proporção de casos prováveis da variante Omicron (BA.1), tendo atingido uma proporção estimada máxima (cerca de 93%) entre os dias 7 e 9 de janeiro de 2022, com base nas estimativas obtidas no âmbito da estratégia de monitorização em tempo real da “falha” na deteção do gene S (SGTF). Desde essa data, tem-se verificado um decréscimo da proporção de amostras positivas com este perfil.

A linhagem BA.2 foi detetada pela primeira vez em amostragens aleatórias por sequenciação na semana 52 (27 de dezembro de 2021 a 2 de janeiro de 2022) e, embora a sua frequência relativa tenha aumentado (de 0,2% para 0,7%) na semana seguinte (semana 1, de 3 a 9 de janeiro), a sua circulação comunitária terá sido reduzida nas duas primeiras semanas de janeiro.

A observação de um decréscimo de ~12% na proporção de amostras positivas com o perfil SGTF durante a semana 2 (10 a 16 de janeiro) apontou para um aumento da circulação da linhagem BA.2, o qual é corroborado pela identificação desta linhagem por sequenciação. Na semana 3 (17 a 24 de janeiro) não se observou um decréscimo adicional na proporção de amostras com perfil SGTF.

Apesar dos dados de sequenciação relativos à semana 3 ainda não terem sido apurados, não permitindo assim averiguar o peso relativo da linhagem BA.2, os dados atuais não ilustram um aumento acentuado e consistente da frequência relativa desta linhagem em Portugal, ao contrário do que se tem observado noutros países.

Em relação à variante Delta, o relatório do INSA refere que, desde a semana 47 (22 a 28 de novembro), esta variante tem vindo a diminuir a sua frequência relativa, em resultado do aumento abrupto de circulação da variante Omicron (BA.1), mantendo-se no entanto a circulação de várias sublinhagens.