Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 23-11-2021

23-11-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 21.452 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 303 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 532 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 128 concelhos por semana.

De acordo com o relatório do INSA, nas semanas 43 e 44 (entre 25 de outubro e 7 de novembro), com amostragens fechadas e análises concluídas, registou-se uma frequência relativa de 99,8% para a variante Delta (B.1.617.2). Na semana 45 (8 a 14 de novembro), apesar de a variante Delta apresentar uma frequência relativa de 100%, este valor é provisório pois os dados ainda estão a ser apurados. As únicas sequências “não-Delta” detetadas nas semanas 43 e 44, cuja análise já se encontra concluída, referem-se a um caso associado à variante “Mu” (B.1.621) (variante com grande expansão na Colômbia) na Região Norte, e um caso da linhagem B.1.36.17 na Região de Lisboa e Vale do Tejo, o qual se encontra sob investigação.

Em Portugal, as 11.970 sequências Delta analisadas até à data dividem-se em quase 100 sublinhagens, em resultado da recente atualização da nomenclatura, a qual permitiu uma maior discriminação das sequências analisadas. Desta monitorização contínua destaca-se a atual circulação de diversas sublinhagens da variante Delta em Portugal, sendo que 37 destas foram detetadas consecutivamente nas últimas três semanas ou na atual semana em análise. A nível nacional, destaca-se uma sublinhagem da AY.43 com uma mutação adicional na proteína Spike, sublinhagem esta que  apresentou uma frequência relativa com tendência crescente, aumentando de 1,4% na semana 43 para 7,6% na semana 44, tendo sido detetados até à data 58 casos.

A nível regional, a frequência relativa da sublinhagem AY.26 tem-se mantido estável, continuando a ser detetada essencialmente nas regiões do Alentejo e Lisboa e Vale do Tejo. Na sublinhagem AY.4.2 verificou-se um aumento da circulação a partir da semana 42 (18 a 24 de outubro), revelando uma frequência relativa tendencialmente crescente de 1,8% (semana 42) para 2,6% (semana 44; valor provisório). No total, foram detetados até à data 46 casos associados a esta sublinhagem em Portugal, mantendo a sua maior circulação na Região do Algarve, apesar de um decréscimo da frequência relativa de 21,2% para 7,1% entre as semanas 43 e 44.

O relatório refere ainda que não é detetado qualquer caso associado à variante Gamma (P.1) desde a semana 37 (13 a 19 de setembro), situação semelhante à variante Beta, que não é detetada desde a semana 29 (19 a 25 de julho).

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Atualmente, esta monitorização contínua assenta em amostragens semanais de amplitude nacional. Os resultados deste trabalho podem ser consultados aqui.

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