Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 21-12-2021

21-12-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 23.663 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 303 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 538 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 129 concelhos por semana.

De acordo com o relatório do INSA, nas semanas 47 e 48 (entre 22 de novembro e 5 de dezembro), com amostragens fechadas e análises concluídas, registou-se uma frequência relativa de 99,8% e 98,4% para a variante Delta (B.1.617.2), respetivamente. Na semana 49 (6 a 12 de dezembro; dados em apuramento), a variante Delta apresenta uma frequência relativa provisória de 97,5%.

Em Portugal, as sequências Delta analisadas até à data dividem-se em mais de 100 sublinhagens, das quais se destacam a sublinhagem AY.43.5 (AY.43 com mutação adicional N501S na proteína Spike), que tem representado, em média, desde a semana 44 (1 a 7 de novembro), cerca de 5% de todas as sequências analisadas, ilustrando a continuidade da sua circulação em múltiplas regiões.

A sublinhagem AY.4.2 tem revelado uma frequência relativa tendencialmente crescente, de 1,8% na semana 42 (18 a 24 de outubro) para 6,5% (semana 49, 6 a 12 de dezembro; dados em apuramento), mantendo uma maior circulação na Região do Algarve. Em relação às sublinhagens com a mutação de interesse E484Q, confirma-se a continuidade da cadeia de transmissão detetada no Porto e a emergência independente de novos clusters com este perfil.

No que diz respeito à variante de preocupação Ómicron (linhagem B.1.1.529), o mais recente relatório do INSA sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 refere que, com base nas amostragens aleatórias semanais de âmbito nacional sujeitas a sequenciação do genoma viral, esta variante registou na semana 48 (29 de novembro a 5 de dezembro; análise concluída) e na semana 49 (6 a 12 de dezembro; dados em apuramento) frequências relativas de 1,6% e 2,5%, respetivamente.

Este resultado sugere uma baixa circulação da variante Ómicron no final de novembro/início de dezembro, em forte contraste com o aumento abrupto de circulação desta variante estimado para os dias seguintes, com base na estratégia de monitorização em tempo real da “falha” na deteção do gene S. O recurso a este critério tem permitido identificar, desde o dia 6 de dezembro, um crescimento exponencial na proporção de casos prováveis, tendo atingido uma proporção estimada de 46,9% no dia 20 de dezembro.

Os dados obtidos desde o dia 15 de dezembro consolidam a perspetiva de que a variante Ómicron será dominante (>50%) em Portugal na presente semana (20 a 26 de dezembro), em paralelismo com o cenário observado em outros países como, por exemplo, a Dinamarca e o Reino Unido.

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