Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 20-07-2021

20-07-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 11.929 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 295 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 570 sequências por semana desde o início de junho de 2021. De acordo com o relatório do INSA, esta amostragem envolveu laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 110 concelhos por semana.

Entre as novas sequências analisadas, a variante Delta (B.1.617.2) é a variante mais prevalente em Portugal com uma frequência relativa de 94.8% na semana 27 (5 a 11 de julho), mantendo-se dominante em todas as regiões. Do total de sequências da variante Delta analisadas, 56 apresentam a mutação adicional K417N na proteína Spike (sublinhagem AY.1), sendo que a frequência relativa desta sublinhagem tem evidenciado uma tendência decrescente, não tendo sido detetado até à data qualquer caso nas semanas 26 e 27.

O relatório de diversidade genética do SARS-CoV-2 indica também que a frequência relativa das variantes Beta (B.1.351) e Gamma (P.1), associadas inicialmente à África do Sul e ao Brasil (Manaus), respetivamente, mantém-se baixa e sem tendência crescente. Em particular, não foi detetado até ao momento qualquer caso associado à variante Beta (B.1.351) nas semanas 26 e 27, e a frequência relativa da variante Gamma (P.1) nessas semanas foi de 0.4%. Não se detetaram novos casos da variante Lambda (C.37), a qual apresenta circulação vincada nas regiões do Peru e do Chile.

Entre outras variantes de interesse (VOI – variants of interest) em circulação em Portugal, destaca-se a variante/linhagem B.1.621 (detetada inicialmente na Colômbia), a qual apresentou uma frequência relativa à volta de 1% entre as semanas 22 e 25 e, com base nos dados apurados até à data, parece verificar-se um decréscimo da sua frequência relativa, tendo sido detetada a 0.2% e a 0.0% nas semanas 26 e 27, respetivamente. Esta variante de interesse apresenta várias mutações na proteína Spike, que são partilhadas com algumas das variantes de preocupação (VOC – variants of concern).

A partir de junho, o INSA adotou uma nova estratégia de monitorização contínua da diversidade genética do novo coronavírus em Portugal, a qual assenta em amostragem semanais de amplitude nacional. Esta abordagem permitirá uma melhor caracterização genética do SARS-CoV-2, uma vez que os dados serão analisados continuamente, deixando de existir intervalos temporais entre análises.

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Os resultados deste trabalho podem ser consultados aqui.

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