Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 18-01-2022

18-01-2022

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 25.576 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 303 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 519 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 132 concelhos por semana.

Segundo o mais recente relatório do INSA, desde o dia 6 de dezembro, tem-se verificado um elevado crescimento na proporção de casos prováveis da variante Omicron (BA.1), tendo atingido uma proporção estimada máxima (cerca de 93%) entre os dias 7 e 9 de janeiro de 2022, com base nas estimativas obtidas no âmbito da estratégia de monitorização em tempo real da “falha” na deteção do gene S (SGTF). Desde essa data, tem-se verificado um decréscimo da proporção de amostras positivas com este perfil.

Após ensaios preliminares num conjunto de amostras positivas que não apresentaram “falha” na deteção do gene S, foram identificados perfis mutacionais compatíveis com a linhagem BA.2, sugerindo assim que o decréscimo na proporção de amostras positivas com o perfil SGTF poderá dever-se, pelo menos parcialmente, a um aumento da circulação desta linhagem em Portugal.

Em concordância com esta hipótese, a linhagem BA.2 foi já detetada em amostragens aleatórias por sequenciação na semana 52 (27 de dezembro de 2021 a 2 de janeiro de 2022), representando pelo menos uma introdução na região do Algarve. Os próximos dias permitirão aferir a evolução da frequência relativa da linhagem BA.2 em Portugal, bem como a sua dispersão por região.

A linhagem BA.2 (também classificada como Omicron pela Organização Mundial da Saúde) apresenta várias características genéticas semelhantes à linhagem BA.1. Ambas as linhagens (BA.1 e BA.2) descendem da linhagem ancestral B.1.1.529 e apresentam um “excesso” de mutações na proteína Spike, sendo que muitas delas são partilhadas. A linhagem BA.2 já foi detetada em múltiplos países, destacando-se a sua crescente proporção entre as sequências genómicas reportadas recentemente, por exemplo, pelo Reino Unido e Dinamarca.

Em relação à variante Delta, o relatório do INSA refere que, desde a semana 47 (22 a 28 de novembro), esta variante tem vindo a diminuir a sua frequência relativa, em resultado do aumento abrupto de circulação da variante Omicron (BA.1), mantendo-se no entanto a circulação de várias sublinhagens.