Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 14-09-2021

14-09-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 16.380 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 303 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 552 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 126 concelhos por semana.

De acordo com o relatório do INSA, a variante Delta (B.1.617.2) apresenta uma frequência relativa de 99,7% na semana 35 (30 de agosto a 5 de setembro) em todas as regiões. Do total de sequências da variante Delta analisadas até à data, 66 apresentam a mutação adicional K417N na proteína Spike (sub-linhagem AY.1). Esta sublinhagem tem mantido uma frequência relativa abaixo de 1% desde a semana 24 (14 a 20 de junho).

A frequência relativa das variantes Beta (B.1.351) e Gamma (P.1), associadas inicialmente à África do Sul e ao Brasil (Manaus), mantém-se baixa, sendo inferior a 0,5% desde a semana 25 (21 a 27 de junho). Em particular, não foi detetado qualquer caso associado à variante Beta desde a semana 29 (19 a 25 de julho), sendo que relativamente à variante Gamma, após três semanas sem deteção de qualquer caso nas amostragens aleatórias, foi detetado um caso na semana 35 na Região de Lisboa e Vale do Tejo.

A partir de junho, o INSA adotou uma nova estratégia de monitorização contínua da diversidade genética do novo coronavírus em Portugal, a qual assenta em amostragem semanais de amplitude nacional. Esta abordagem permitirá uma melhor caracterização genética do SARS-CoV-2, uma vez que os dados serão analisados continuamente, deixando de existir intervalos temporais entre análises.

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Os resultados deste trabalho podem ser consultados aqui.