Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 14-06-2022

14-06-2022

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 36.965 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 304 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 522 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 139 concelhos por semana.

Segundo o relatório do INSA, as amostragens semanais por sequenciação, juntamente com a avaliação diária da proporção de amostras com perfil SGTF, têm mostrado que, após a sua primeira deteção na semana 13 (28 de março a 3 de abril), a linhagem BA.5 tem apresentado uma frequência relativa marcadamente crescente, sendo dominante em Portugal desde a semana 19 (9 a 15 de maio), apresentando uma frequência relativa de 84% de acordo com a amostragem aleatória por sequenciação na semana 22 (30 de maio a 5 de junho).

Por outro lado, a linhagem BA.2 apresenta uma frequência relativa continuamente decrescente, tendo deixado de ser dominante desde a semana 19, ponto a partir do qual a linhagem BA.5 se tornou dominante em Portugal. A sublinhagem BA.2.12.1 revelou uma frequência relativa com tendência crescente entre as semanas 17 (0,4%) e 19 (1,3%), mantendo-se relativamente estável desde então.

A sublinhagem BA.2.35 da BA.2 tem vindo a ser caracterizada pela mutação adicional L452R na proteína Spike, associada à resistência a anticorpos neutralizantes e marcadora de outras variantes de interesse/preocupação, tais como as variantes Delta, Kappa e Omicron BA.4/BA.5. Após a deteção a 1 de março de 2022 (semana 9), apresentou uma frequência relativa com tendência crescente, atingindo 3,6% das sequências analisadas na semana 18 (2 a 8 de maio). Nas amostragens das semanas seguintes, a sua frequência oscilou entre 1,7% e 2,9% (dados em apuramento).

A frequência relativa da linhagem BA.1 atingiu um máximo na semana 2 (95,6%, 10 a 16 de janeiro), altura em que iniciou uma tendência decrescente. Estima-se que a sua circulação seja residual atualmente, tendo sido detetada a uma frequência inferior a 1% desde a semana 16 (18 a 24 de abril). Desde a semana 19, foram identificadas 7 sequências da linhagem BA.4 da variante Omicron em Portugal, associados a casos confirmados em 5 das 7 regiões do país.

O relatório do INSA refere ainda que, em Portugal, os poucos vírus recombinantes identificados, até ao momento, foram detetados em casos esporádicos nas amostragens aleatórias semanais. Entre estes, destacam-se casos associados aos recombinantes com as designações internacionais “XM”, “XN”, “XE” e “XH”, sendo que todos são caracterizados por um perfil genético híbrido em que uma parte inicial do genoma corresponde à linhagem BA.1 e o restante à linhagem BA.2.

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