Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 12-02-2024

12-02-2024

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Genómica e Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 49.132 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 307 concelhos de Portugal.

Segundo o relatório do INSA, a linhagem recombinante XBB (e suas descendentes), dominante em Portugal desde semana 10 até à semana 43 de 2023, regista uma tendência decrescente desde então, tendo registado nas semanas 03/2024 a 05/2024 (entre 15 de janeiro de 2024 a 04 de fevereiro) uma frequência relativa de 2,7%.

A linhagem BA.2 da variante Omicron foi dominante em Portugal nos primeiros meses de 2022, tendo, desde então, mantido uma circulação discreta, até ao surgimento da sua sublinhagem BA.2.86, a qual é dominante em Portugal desde a semana 44 de 2023. Na última amostragem (semanas 03/2024 a 05/2024), apresenta uma frequência relativa de 97,3%, sobretudo devido à circulação da sua sublinhagem JN.1.

A linhagem BA.2.86 tem suscitando interesse internacional devido ao seu perfil mutacional, o qual representa um “salto evolutivo” em relação à sua ancestral BA.2, sendo também divergente em termos antigénicos das variantes XBB. Estas características conferem-lhe uma maior capacidade de fuga ao sistema imunitário, e, potencialmente, uma maior transmissibilidade.

É sabido que infeções prolongadas, particularmente em pacientes imunocomprometidos, podem levar a uma atípica elevada acumulação de mutações ao longo do tempo, nomeadamente na proteína Spike. Neste âmbito, destaca-se a não deteção de circulação comunitária da linhagem AY.124 da variante Delta identificada em Portugal (relatório anterior), bem como a ausência de identificação da linhagem BA.2.87 em Portugal, a qual representa também um novo salto evolutivo do vírus SARS-CoV-2, tendo sido recentemente identificada com circulação comunitária na África do Sul.

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Atualmente, esta monitorização contínua assenta em amostragens semanais de amplitude nacional. Os resultados deste trabalho podem ser consultados aqui.

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