Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 11-01-2022

11-01-2022

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 25.071 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 303 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 527 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 132 concelhos por semana.

Segundo o mais recente relatório do INSA, desde o dia 6 de dezembro, tem-se verificado um elevado crescimento na proporção de casos prováveis da variante Omicron, tendo atingido uma proporção estimada de 93,2% no dia 10 de janeiro de 2022, com base nas estimativas obtidas no âmbito da estratégia de monitorização em tempo-real da “falha” na deteção do gene S.

No que diz respeito às amostragens aleatórias semanais de âmbito nacional por sequenciação total do genoma, a frequência relativa da variante Omicron tem sido concordante com as estimativas obtidas com base na estratégia de monitorização em tempo-real da “falha” na deteção do gene S. A estratégia de sequenciação tem permitido ainda observar uma considerável heterogeneidade desta variante ao nível regional, tendo a sua circulação comunitária ocorrido precocemente e de forma mais intensa na Região de Lisboa e Vale do Tejo, tornando-se dominante cerca de 1-2 semanas mais cedo do que nas restantes regiões.

Em relação à variante Delta, o relatório do INSA refere que, desde a semana 47 (22 a 28 de novembro), esta variante tem vindo a diminuir a sua frequência relativa, em resultado do aumento abrupto de circulação da variante Omicron, mantendo-se no entanto a circulação de várias sublinhagens.

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