Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 10-05-2022

10-05-2022

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 34.193 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 304 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 523 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 139 concelhos por semana.

Segundo o relatório do INSA, de acordo com a proporção de amostras positivas não-SGTF (perfil indicador de caso provável de Omicron BA.2), a linhagem BA.2 apresenta uma tendência decrescente na sua frequência relativa e estima-se que represente 62,9% das amostras positivas ao dia 8 de maio de 2022. Relativamente à sublinhagem BA.2.35, caracterizada pela mutação adicional L452R na proteína Spike, nas últimas semanas verificou-se uma inversão da tendência crescente, registando valores <2% até à semana 17 (dados em apuramento).

Foram identificadas pela primeira vez em Portugal sequências da sublinhagem BA.2.12.1, associada a dois casos detetados nas regiões Centro e Lisboa e Vale do Tejo. Esta linhagem tem suscitado interesse internacional pois caracteriza-se pela mutação adicional L452Q na proteína Spike (afetando o mesmo local proteico referido acima) e tem apresentado um considerável aumento de circulação em alguns países, nomeadamente nos Estados Unidos da América.

O documento indica também que a linhagem BA.5 tem apresentado uma frequência relativa crescente, tendo duplicado a sua frequência entre as semanas 15 (4,0%, 11 a 17 de abril) e 16 (9,0%, 18 a 24 de abril). A amostragem por sequenciação da semana 17 (dados em apuramento), juntamente com a proporção de amostras com perfil SGTF, indicam que esta tendência de duplicação da frequência por semana se manteve, estimando-se que a linhagem BA.5 tenha representado aproximadamente 37% dos casos positivos ao dia 8 de maio.

A frequência relativa da linhagem BA.1 atingiu um máximo na semana 2 (95,6%, 10 a 16 de janeiro), altura em que iniciou uma tendência decrescente. Estima-se que a sua circulação seja residual atualmente, não tendo sido detetado nenhum caso na semana 17 (25 de abril a 1 de maio; dados em apuramento). Relativamente à linhagem BA.3, não foi detetado qualquer caso em Portugal desde a semana 11 (14 a 20 de março), enquanto que a linhagem BA.4 não foi detetada, até à data, em Portugal.

O relatório do INSA refere ainda que, em Portugal, os poucos vírus recombinantes identificados, até ao momento, foram detetados em casos esporádicos nas amostragens aleatórias semanais. Entre estes, destacam-se casos associados aos recombinantes com as designações internacionais “XM”, “XN”, “XE” e “XH”, sendo que todos são caracterizados por um perfil genético híbrido em que uma parte inicial do genoma corresponde à linhagem BA.1 e o restante à linhagem BA.2. Não existe evidência de que apresentem diferenças funcionais (ex., diferenças de transmissibilidade ou de evasão do sistema imunitário) em relação às linhagens parentais BA.1 e BA.2.

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