Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 05-07-2022

05-07-2022

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 38.108 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 304 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 518 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 139 concelhos por semana.

Segundo o relatório do INSA, as amostragens semanais por sequenciação, têm mostrado que, após a sua primeira deteção na semana 13 (28 de março a 3 de abril), a linhagem BA.5 tem apresentado uma frequência relativa marcadamente crescente, sendo dominante em Portugal desde a semana 19 (9 a 15 de maio), apresentando uma frequência relativa de 95,6% de acordo com a amostragem aleatória por sequenciação na semana 25 (20 a 26 de junho).

Por outro lado, a linhagem BA.2 apresenta uma frequência relativa continuamente decrescente, estimando-se que esta seja de 3,2% na semana 25 (dados em apuramento). Ambas as sublinhagens de interesse da BA.2, BA.2.12.1 e BA.2.35, têm apresentado uma frequência relativa flutuante nas últimas semanas, não tendo, até à data, ultrapassado os 2% e 4%, respetivamente.

A frequência relativa da linhagem BA.1 atingiu um máximo na semana 2 (95,6%, 10 a 16 de janeiro), altura em que iniciou uma tendência decrescente. Estima-se que a sua circulação seja residual atualmente, tendo sido detetada a uma frequência inferior a 1% desde a semana 16 (18 a 24 de abril). Desde a semana 19, foram identificadas 15 sequências da linhagem BA.4 da variante Omicron em Portugal, associados a casos confirmados em 6 das 7 regiões do país.

O relatório do INSA refere ainda que, em Portugal, os poucos vírus recombinantes identificados, até ao momento, foram detetados em casos esporádicos nas amostragens aleatórias semanais. Entre estes, destacam-se casos associados aos recombinantes com as designações internacionais “XM”, “XN”, “XE”, “XH” e “XAG”, sendo que todos são caracterizados por um perfil genético híbrido em que uma parte inicial do genoma corresponde à linhagem BA.1 e o restante à linhagem BA.2.

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