Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 05-05-2021

05-05-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 7.325 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 278 concelhos de Portugal.

Desde o último relatório (02-04-2021), foram analisadas mais 1.569 sequências, incluindo 1.426 sequências obtidas no âmbito da vigilância de periodicidade mensal com amostragem nacional que o INSA está a coordenar, provenientes de laboratórios distribuídos por 18 distritos de Portugal continental e Regiões Autónomas da Madeira e dos Açores, abrangendo um total de 153 concelhos. A amostragem de abril cobriu 18,8% das amostras positivas reportadas durante o período em análise em Portugal, pelo que os dados apresentados refletem de forma robusta o peso das variantes em circulação no atual curso da epidemia no país.

Entre as novas sequências analisadas, a variante associada ao Reino Unido foi detetada por sequenciação com uma frequência relativa de 91.2% na amostragem nacional de abril, continuando numa trajetória de frequência ascendente. Em relação à variante 501Y.V2 (linhagem B.1.351), associada à África do Sul, o mais recente relatório de situação destaca a diminuição da sua frequência relativa de 2.5% (março) para 1.3% (abril), o que sugere que a sua transmissão na comunidade tem sido limitada, embora já tenha sido detetada em 10 distritos e 34 concelhos.

Por outro lado, a frequência relativa da variante P.1 (501Y.V3, associada ao Brasil, Manaus) é agora de 4.3%, o que evidencia um aumento considerável em relação à amostragem de março (0.4%), indicando a análise filogeográfica que esta variante foi introduzida várias vezes de forma independente em Portugal, tendo sido já detetada em 15 distritos e 40 concelhos.

O relatório do INSA dá ainda conta de que foram identificados por sequenciação os primeiros sete casos da variante B.1.617.1 (associada à Índia), sendo que seis destes casos foram detetados na amostragem nacional de abril, abrangendo 5 concelhos. Esta variante é portadora de várias mutações na proteína Spike potencialmente mediadoras de maior capacidade de transmissão e/ou evasão ao sistema imunitário.

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver, em colaboração com o Instituto Gulbenkian de Ciência (IGC), o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal.

Os resultados deste trabalho, que conta também com a colaboração de outros institutos parceiros no consórcio GenomePT, nomeadamente Institute of Biomedicine (iBiMED, Univ. Aveiro), BioSystems & Integrative Sciences Institute (BioISI, Univ. Lisboa), Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos (CIBIO, Univ. Porto) e Instituto de Investigação e Inovação em Saúde (i3S, Univ. Porto), podem ser consultados aqui.

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