Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 03-05-2022

03-05-2022

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 33.644 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 304 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 523 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 138 concelhos por semana.

Segundo o relatório do INSA, a frequência relativa da linhagem BA.1 atingiu um máximo na semana 2 (95,6%, 10 a 16 de janeiro), altura em que iniciou uma tendência decrescente. Esta linhagem regista uma frequência relativa por sequenciação de 0,6% na semana 16 (18 a 24 de abril; dados em apuramento), não sendo possível estimar a frequência atual da linhagem através da avaliação da proporção de amostras positivas com “falha” na deteção do gene S (SGTF – S gene target failure), uma vez que co-circula outra linhagem com este perfil.

De acordo com a proporção de amostras positivas não-SGTF (perfil indicador de caso provável de Omicron BA.2), estima-se que a linhagem BA.2 representou 73,8% das amostras positivas ao dia 2 de maio. Entre a elevada diversidade genética atualmente existente entre as sequências BA.2 destaca-se a recente deteção de um cluster caracterizado pela mutação adicional L452R na proteína Spike, tendo sido já detetada em quatro regiões (Norte, Centro, Lisboa e Vale do Tejo e Alentejo), num total de 20 concelhos. Representou 3,5% das sequências analisadas na semana 15. Em relação à linhagem BA.3 não foi detetado qualquer caso em Portugal desde a semana 11.

O documento indica também que, recentemente, foram classificadas duas novas linhagens da variante Omicron, BA.4 e BA.5, tendo esta última linhagem (BA.5) sido detetada em Portugal pela primeira vez na semana 13 e apresentando atualmente uma frequência relativa crescente de 4% na amostragem nacional das semanas 15 e 16 (11 a 17 de abril, análise concluída; 18 a 24 de abril, dados em apuramento), circulando com maior intensidade nas regiões Norte, Centro e Alentejo. Considerando que a linhagem BA.5 será a que mais significativamente contribuirá para a proporção de amostras com perfil SGTF, estima-se que a sua frequência relativa à data do presente relatório seja consideravelmente superior. Até à data, não foi detetado qualquer caso BA.4 em Portugal.

O relatório do INSA refere ainda que, em Portugal, os poucos vírus recombinantes identificados, até ao momento, foram detetados em casos esporádicos nas amostragens aleatórias semanais. Entre estes, destacam-se casos associados aos recombinantes com as designações internacionais “XM”, “XN”, “XE” e “XH”, sendo que todos são caracterizados por um perfil genético híbrido em que uma parte inicial do genoma corresponde à linhagem BA.1 e o restante à linhagem BA.2. Não existe evidência de que apresentem diferenças funcionais (ex., diferenças de transmissibilidade ou de evasão do sistema imunitário) em relação às linhagens parentais BA.1 e BA.2.

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