Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 03-03-2021

03-03-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza um novo relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2, desenvolvido no âmbito do “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”. Até à data, foram analisadas 4346 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em 75 laboratórios, hospitais e instituições, representando 252 concelhos de Portugal.

Desde o último relatório (05-02-2021),  foram analisadas mais 1085 sequências, incluindo 861 sequências obtidas no âmbito da vigilância de periodicidade mensal com amostragem nacional que o INSA está a coordenar, provenientes de laboratórios distribuídos por 17 distritos de Portugal continental e Regiões Autónomas da Madeira e dos Açores, e 27 sequências obtidas em amostras suspeitas da presença de variantes de interesse, nomeadamente as variantes associadas à África do Sul e Brasil ou de outros estudos específicos.

Entre as novas sequências analisadas, a variante associada ao Reino Unido foi detetada por sequenciação com uma frequência relativa de 58.2% na amostragem nacional de fevereiro, mostrando um grande incremento relativamente à frequência de 16.0% observada em janeiro. Esta clara tendência crescente é concordante com a que foi estimada a partir dos dados de falha na deteção do gene S por RT-PCR para a mesma semana, no âmbito do estudo de monitorização contínua desta variante em colaboração com a Direção-Geral da Saúde e o laboratório Unilabs.

O mais recente relatório de situação refere também que foram detetados, até à data, cinco casos da variante associada à África do Sul, sendo que apenas se detetou um caso desta variante entre as 861 sequências da amostragem nacional de fevereiro. Esta observação sugere que a circulação desta variante é ainda limitada em Portugal (0.1% na amostragem de fevereiro).

Para além de sete casos previamente notificados (associados a uma única cadeia de transmissão), foram detetados, na amostragem de fevereiro, mais três casos da variante 501Y.V3 (P.1), primeiramente detetada no Brasil, em particular na região de Manaus (Amazónia), o que sugere que esta variante apresenta uma circulação limitada em Portugal (0.4% na amostragem de fevereiro). Foram ainda contabilizados 15 casos associados à variante P.2, também detetada inicialmente no Brasil e associada a casos de reinfeção.

O relatório indica também que a variante previamente identificada com a mutação de interesse L452R na proteína Spike, agora designada C.16, revelou uma frequência relativa de 5.1% na amostragem de fevereiro, mostrando uma estabilização da sua frequência relativamente à amostragem de janeiro, mas mantendo, no entanto, uma ampla dispersão nacional, tendo sido detetada já em 45 concelhos, abrangendo 11 distritos de Portugal continental e ambas as Regiões Autónomas.

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver, em colaboração com o Instituto de Gulbenkian de Ciência (IGC), o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Os resultados deste trabalho podem ser consultados aqui.

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