Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 02-04-2021

05-04-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza um novo relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2, desenvolvido no âmbito do “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”. Até à data, foram analisadas 5758 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em 89 laboratórios, hospitais e instituições, representando 252 concelhos de Portugal.

Desde o último relatório (03-03-2021), foram analisadas mais 1345 sequências, incluindo 1094 sequências obtidas no âmbito da vigilância de periodicidade mensal com amostragem nacional que o INSA está a coordenar, provenientes de laboratórios distribuídos por 18 distritos de Portugal continental e Regiões Autónomas da Madeira e dos Açores, abrangendo um total de 166 concelhos, e 89 sequências obtidas em amostras suspeitas da presença de variantes de interesse, nomeadamente as variantes associadas à África do Sul e Brasil ou de outros estudos específicos.

A amostragem nacional de março de 2021 por sequenciação cobriu 10,4% das amostras positivas reportadas durante o período em análise em Portugal, pelo que os dados apresentados refletem de forma robusta o peso das variantes em circulação no atual curso da epidemia no país. Entre as novas sequências analisadas, a variante associada ao Reino Unido foi detetada por sequenciação com uma frequência relativa de 82.9% na amostragem nacional de março, continuando numa trajetória de frequência ascendente.

O mais recente relatório de situação refere também que foram detetados, até à data, 49 casos da variante 501Y.V2, associada à África do Sul, sendo que 27 casos desta variante foram detetados na amostragem nacional de março, o que representa uma frequência relativa de 2.5% e evidencia um aumento considerável em relação à amostragem de fevereiro (0.1%). A análise filogeográfica indica que esta variante foi introduzida várias vezes de forma independente em Portugal. Não obstante, identificam-se alguns clusters bem definidos, sugerindo que a circulação é ainda pouco frequente na comunidade.

Foram detetados, até ao momento, 22 casos da variante P.1 (501Y.V3, associada ao Brasil, Manaus), sendo que apenas quatro casos desta variante foram detetados na amostragem março, mantendo a mesma frequência relativa (0.4%) observada em fevereiro, o que se sugere que a circulação desta variante é muito limitada em Portugal. A variante P.2, também detetada inicialmente no Brasil, revelou um decréscimo na sua frequência relativa na amostragem de março, tendo sido detetado apenas um caso entre as 1094 sequências analisadas.

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver, em colaboração com o Instituto de Gulbenkian de Ciência (IGC), o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Os resultados deste trabalho, que conta também com a colaboração da Universidade de Aveiro, Universidade de Lisboa e Instituto de Investigação e Inovação em Saúde (i3S),  podem ser consultados aqui.