Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal – 06-07-2021

06-07-2021

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 10.824 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 288 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, foram obtidas, até ao momento, 2022 sequências a partir de amostras colhidas em junho de 2021. De acordo com o relatório do INSA, esta amostragem envolveu laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo um total de 160 concelhos.

Entre as novas sequências analisadas, a variante Delta (B.1.617.2) é a variante mais prevalente em Portugal com uma frequência relativa de 89.1% na semana 25 (21-27 junho). Como esperado, a sua frequência tem aumentado em todas as regiões durante o mês de junho, destacando-se o forte incremento nas Regiões do Norte (de 17.7%, na semana 22, para 71.1%, na semana 25) e Regiões Autónomas da Madeira (de 12.5%, na semana 22, para 85.7%, na semana 25) e Açores (de 0.0%, na semana 22, para 64.7%, na semana 25).

Do total de sequências da variante Delta analisadas, 55 apresentam a mutação adicional K417N na proteína Spike (sub-linhagem AY.1). A frequência relativa da sublinhagem Delta (B.1.617.2) AY.1 na amostragem nacional de junho não tem evidenciado uma tendência crescente, tendo sido detetada a uma frequência relativa inferior a 1% na semana 25.

A variante Alpha (B.1.1.7), associada inicialmente ao Reino Unido, continua com o seu forte decréscimo de frequência a nível nacional, apresentando uma frequência relativa de 9.8% na semana 25. Por outro lado, a frequência relativa das variantes Beta (B.1.351) e Gamma (P.1), associadas inicialmente à África do Sul e ao Brasil (Manaus), respetivamente, mantém-se baixa e sem tendência crescente nas últimas amostragens a nível nacional.

Entre outras variantes de interesse já detetadas em Portugal, destaca-se a circulação da variante/linhagem B.1.621 (detetada inicialmente na Colômbia) a qual apresentou frequências relativas entre 1.0% e 0.4%, entre as semanas 22 e 25. A variante Lambda (C.37), com circulação vincada nas regiões do Peru e do Chile, foi detetada em apenas dois casos em Portugal, desde abril de 2021.

A partir de junho, o INSA adotou uma nova estratégia de monitorização contínua da diversidade genética do novo coronavírus em Portugal, a qual assenta em amostragem semanais de amplitude nacional. Esta abordagem permitirá uma melhor caracterização genética do SARS-CoV-2, uma vez que os dados serão analisados continuamente, deixando de existir intervalos temporais entre análises.

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Os resultados deste trabalho podem ser consultados aqui.

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